学院下设学院下设学院办公室、实验室管理科各1个；教研室5个（解剖生物力学教研室、生理生化教研室、运动康复学教研室、健康管理学教研室、心理学与教育学教研室）；教学实验室7个（解剖学实验室、生物力学实验室、生理学实验室、生物化学实验室、体育保健康复实验室、体育测量学实验室、运动心理学实验室）；本科学生实训室3个（运动康复实训室、理疗实训室、健康管理实训室）；校级研究平台8个（青少年体育锻炼动机研究中心、运动损伤防治与康复研究中心、心肺功能实验室、肺功能与运动认知研究所、运动营养与恢复研究所、分子生物学研究平台、体质健康测评中心、人体动作与力学机能研究中心）；重点实验室及子实验室12个（肌力诊断和训练、 生理机能评定室、生物力学实验室、体质测评实验室、骨密度测评室、细胞培养实验室、分子生物实验室、骨形态计量学室、经颅磁及眼动室、脑电光谱实验室、康复理疗实验室、细胞分子生物室 ）。北京市重点实验室、国家体育总局重点实验室和“北京市学生体质健康监测和分析中心”归属学院管理；学院为“中国康复医学会体育保健康复专业委员会”挂靠单位。